知网查重是通过比对论文的内容与知网数据库中的文献，来检测论文的原创性和重复率。在查重过程中，知网会将论文中的脚注内容也算入比对范围。脚注是论文中引用他人观点、数据等的标注，因此在查重时，脚注部分同样会被纳入比对，以确保论文的整体原创性。

具体来说，知网查重会将论文中的文字内容包括正文和脚注部分进行分析，并与知网数据库进行比对。如果论文中的脚注内容与知网数据库中的文献有相似之处，系统会给出相应的重复率报告。因此，在写作论文时，除了正文内容外，也要注意脚注的引用规范，以避免被查重系统误判为抄袭。